Un an après avoir vaincu le gang du ''Foot'', les Tortues Ninja coulent une vie tranquille chez la journaliste April. Mais Shredder, le chef des Foot qu'on croyait mort a réussi à découvrir l'agent mutagène qui donna naissance aux tortues. Il injecte le gel radioactif à une autre tortue, ainsi qu'à un jeune loup, qui deviennent monstrueux.
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