Après des études d'histoire de l'art, Sébastien Lifshitz travaille comme assistant de Bernard Blisten sur diverses expositions au Centre Georges-Pompidou, puis comme assistant de la photographe
Suzanne Lafont.
Sébastien Lifshitz réalise un premier court métrage en 1995,
Il faut que je l'aime, puis
Claire Denis la vagabonde, un documentaire - portrait sur la réalisatrice. Son moyen métrage
Les Corps ouvert s reçoit le Prix Jean-Vigo du court métrage en 1998 ; il est ensuite présenté au Festival de Cannes puis bénéficie d'une sortie nationale. Son premier long métrage,
Presque rien, s'intéresse à dépeindre l'attirance deux jeunes homosexuels.
En 2001, Sébastien Lifshitz revient au documentaire avec
La Traversée puis tourne en 2004
Wild side, d'après la chanson de Lou Reed autour de l'univers de la prostitution.
En 2009, toujours attiré par la théamatique de l'exploration des corps, le cinéaste tourne Plein Sud avec Léa Seydoux.
