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Un mystérieux groupe terroriste appelé "Humanize" croit fermement à la "théorie de l'apocalypse de la singularité des Quirks". Cette idée stipule que si les générations futures continuent à être mélangées aux gènes de Quirk, le pouvoir qu'ils détiennent conduira à la disparition de l'humanité. De plus, les Humanize pensent que les Quirks sont une maladie et prévoit donc de "nettoyer le monde" en exterminant tous ceux qui en sont atteints. Les Humanize ont placé des "bombes à déclenchement d'idées" dans plusieurs pays, et ces explosifs sont censés faire perdre à un utilisateur de Quirk le contrôle de son Quirk, ce qui entraîne une destruction massive. Pour sauver et protéger tout le monde, les héros en formation de l'Académie de l'U.A., s'unissent pour contrecarrer les efforts du mystérieux groupe.
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Plusieurs incidents inexplicables se produisent un peu partout et des enfants élus du monde entier perdent connaissance. Menoa et son assistant Imura - deux universitaires dont le domaine de recherche sont les Digimon – sollicitent Taichi et ses amis pour tenter d’élucider ces mystérieux phénomènes. Ils leur expliquent qu’Eosmon, un Digimon inconnu, serait à l’origine de tous ces incidents. Ensemble, ils décident d’unir leur force pour l’affronter dans une terrible bataille. Mais l’issue du combat révèle une vérité bien difficile à admettre : lorsqu’un enfant élu devient adulte, son partenaire Digimon disparaît… La menace continue de se propager et touche bientôt les amis proches de Taichi. Ce dernier va alors se retrouver confronté au pire des dilemmes : choisir entre ses amis et son Digimon. Doit-il sauver ses amis, au risque de perdre son partenaire Digimon, son compagnon le plus cher ?
