Par la suite, Miguel Gomes travaille comme critique dans la presse portugaise et publie de nombreux articles théoriques sur le cinéma.
Il réalise son 1er long-métrage en 1999 avec Entretanto, puis l'année suivante Inventário de natal. Parmi ses autre films, on trouve Dinamitem a terra do nunca ou encore A cara que mereces.
En 2008, son film Ce cher mois d'août (Aquele querido mês de agosto) est sélectionné pour la 40ème édition de la Quinzaine des réalisateurs.