2977. Albator, capitaine du vaisseau Arcadia, est un corsaire de l’espace. Il est condamné à mort, mais reste insaisissable. Le jeune Yama, envoyé pour l’assassiner, s’infiltre dans l’Arcadia, alors qu’Albator décide d’entrer en guerre contre la Coalition Gaia afin de défendre sa planète d’origine, la Terre.
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En 2131, les bioroïds (clones créés pour réfréner les passions humaines) vivent en harmonie avec leurs créateurs dans la belle cité d'Olympus. A l'aube d'une nouvelle menace pour cette cité utopique, le commandant Deunan est mandaté pour empêcher un génocide bioroïd. Mais cette guerrière d'élite se révèle être la pièce maîtresse d'un puzzle dont elle ignore encore les règles.
