Fils de photographe, ce réalisateur belge entame des études de cinéma à Bruxelles et va se démarquer très vite au courant des années 80. Dès son premier long-métrage, Servais, Stijn Coninx marque son intérêt pour le visuel puisque ce film d'études est un documentaire autour de Raoul Servais, un grand nom de l'animation belge. Koko Flanel (1990) fait beaucoup parler de lui et son deuxième film, Deans, est nominé aux Oscars et s'intéresse à une des grandes figures catholiques de la Belgique.
Parallèlement, Stijn Coninx est administrateur de la Société Belge des Auteurs, Compositeurs et Editeurs (SABAM) depuis le 3 juin 2002, et Professeur à l'Institut National Supérieur des Arts du Spectacle et Techniques de Diffusion (INSAS) et au RITS-Instiut (Erasmus Hogeschool) à Bruxelles. En avril 2009, il signe un "biopic" sur Jeannine Deckers alias Soeur Sourire avec Cécile de France dans le rôle titre.
