L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?
Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...
Kid l'insaisissable continue ses agissements et veut cette fois s'emparer d'un œuf de Pâques de grande valeur. Ennemi juré de Conan, celui-ci tentera de l'arrêter alors qu'un autre danger le guette : un meurtrier du nom de Scorpion. D'autres prendront part à l'aventure, à savoir : Ran, Agasa, Mouri et les Détective Boys.
Ce film est découpé en 2 parties : La première, Death, résume les épisodes 1 à 24 de la série Evangelion. La seconde, Rebirth, constitue les 15 premières minutes de l'épisode 25' (l'épisode 25 TV remanié, amélioré, complété avec une histoire inédite jusqu'alors). La partie Death est un remontage, assez aléatoire, de la série TV. Ce remontage intègre plusieurs scènes inédites, qui ont été intégrées à la série TV dans sa version vidéo (sortie 2 ans après la première diffusion TV). La partie Rebirth n'est pas complète, car la Gainax n'a pas eu le temps de terminer leur projet (épisodes 25' et 26'). Il a alors été décidé de diffuser un premier film en mars, dans lequel serait montré un avant-goût du produit final (la partie Rebirth) et un autre film en été, qui serait cette fois la version complète.
