A 18 ans Edouard Baer rentre au Cours Florent. Malgré sa formation de comédien, c'est pourtant sur les ondes qu'il amorce sa carrière avec la complicité d'Ariel Wizman. Les deux compères ont en effet co-animé La Grosse boule et Paroles de femmes sur Radio Nova. Son humour séduit Canal + pour qui il dirige le fantasque "Centre de visionnage".
Il enchaîne ensuite avec le cinéma. Après quelques apparitions, il se fait remarquer dans Betty Fisher et autres histoires de Claude Miller. Il poursuit par après dans des films comme Astérix et Obélix : mission Cléopâtre, Le Bison, ou Mensonges et Trahisons.
Parallèlement à sa carrière d'acteur, il est aussi passé derrière la caméra en réalisant les longs métrages La Bostella (2001) et Akoibon (2005).
En 2007, il est à l'affiche des films Molière, Je pense à vous, et La Fille coupée en deux de Chabrol. L'année suivante, il est à l'affiche du film J'ai toujours rêvé d'être un gangster, puis Passe passe dans lequel il a pour partenaires Nathalie Baye et Joey Starr. Il donne aussi la réplique à Eric et Ramzy dans Seuls Two et tient le rôle principal d'Un monde à nous aux côtés d'Alain Chabat. En 2010, on le voit aux côtés de Marina Hands et Marina Hands dans Une exécution ordinaire de Marc Dugain.
Edouard Baer est aussi un acteur de théâtre. On a pu le voir dans diverses pièces dont Cravate Club (2001), pour laquelle il avait obtenu le Molière de la révélation masculine.
En novembre 2010, il est élu Parisien 2010 pour son allure, son humour, son esprit et sa fantaisie décalée selon un sondage du Figaro et du Figaroscope.
