Ignacio Agüero est l'un des réalisateurs de documentaires les plus renommés du Chili. Il a étudié l'architecture et le cinéma, et a obtenu son diplôme de la Faculté des arts de la communication de l'Universidad Católica de Chile, avec le titre de directeur artistique mention cinéma en 1979. Il est membre fondateur de l'Association des réalisateurs de documentaires du Chili, dont il a été le premier président.
Bien qu'il se soit distingué par la réalisation de documentaires indépendants, il a aussi travaillé comme producteur, monteur, cameraman, acteur, et a été juré dans des compétitions nationales et internationales. En 1988, il a participé en tant que codirecteur et monteur à « La Franja del NO », un message télévisé dans la campagne pour le plébiscite qui a renversé la dictature d'Augusto Pinochet.
Parallèlement à son travail de cinéaste, il a produit de nombreux travaux commandés par la télévision, tant nationale qu'étrangère. Parmi les plus importants : Neruda, tout l'amour (1998), avec un scénario d'Antonio Skármeta, réalisé pour Canal + Espagne, et plusieurs chapitres de la série Heredia & asociados, basée sur les histoires du romancier Ramon Diaz Eterovic. À partir de sa société de production Ignacio Agüero & Asociado, il a produit la série Maldito corazón, sur les crimes historiques au Chili, gagnante du concours du Conseil national de la télévision et produite pour Chilevisión en 2011.
No olvidar (1982), son premier film, aborde le thème du prétendu « Massacre des fours de Lonquén », commis en 1978 et découvert quelques années plus tard.
En 1988, Agüero a réalisé un documentaire qui a marqué l'histoire : Cent enfants attendant un train. De la misère et de la marginalité, le film raconte l'histoire innocente d'un groupe d'enfants qui voyagent de leur ville vers le centre de la ville pour assister à une séance de cinéma pour la première fois. Il a remporté le premier prix du documentaire au Festival du film de La Havane en 1988, l'année de sa première.
En 1993, elle a présenté le documentaire Rêves de glace, qui a remporté le grand prix du documentaire au Festival de Mannheim-Heidelberg en 1994, et en 2000 son documentaire Ici se construit, premier prix au Festival Docupolis de Barcelone, et meilleur documentaire national aux FIDOCS (Santiago du Chili) en 2001. En 2004, il a réalisé le documentaire La mamá de mi abuela le contó a mi abuela.
Par la suite, il a réalisé le remarquable documentaire Le journal d'Agustín (2008), sur la participation active du journal El Mercurio au coup d'État militaire et ensuite à la consolidation de la dictature militaire. En 2011, il a réalisé un documentaire sur le bâtiment qui abrite actuellement le Centre culturel Gabriela Mistral, GAM (2001), et en 2012, il a présenté son documentaire personnel L'autre jour, un film avec Al qui a remporté le prix Altazor 2014 pour la direction documentaire. C'est le quatrième Altazor obtenu par Ignacio Agüero après les victoires de 2005 avec La mamá de mi abuela le contó a mi abuela, 2006 avec Heredia y Asociados et 2009 avec Le journal d'Agustín.
Il a dirigé de nombreux ateliers de formation au Chili, au Mexique, à Barcelone, en Bolivie, et a développé des tutoriels de projets au Mexique, au Costa Rica, à Buenos Aires, au Nicaragua et au Chili.
Ignacio Agüero est professeur associé à l'Institut de communication et d'image (ICEI) de l'Universidad de Chile et coordonnateur du Master en documentaire cinématographique.