Le grand public la découvre vraiment grâce au film d' Etienne Chatiliez,Tatie Danielle, en 1990. Presque dix ans plus tard on la retrouve dans Le Fabuleux destin d'Amélie Poulain, film qui lui fait obtenir une nomination aux César en tant que meilleur second rôle féminin. Suivent 3 zéros de Fabien Onteniente en 2001, ou encore Astérix et Obélix : mission Cléopâtre en 2002.
Mais avant d'être reconnue au cinéma, Isabelle Nanty doit ses premières lettres de noblesse au théâtre. Elle pratique en effet la mise en scène depuis longtemps. On lui doit la représentation de nombreuses pièces, comme Le Journal de Delphine. Elle a aussi orchestré certains des one man shows de Gad Elmaleh ou Pierre Palmade.
Enfin elle a été professeur au Cours Florent, où elle a entraîné des talents comme les Robins des Bois, Isabelle Carré, Julie Gayet, Vincent Elbaz ou Valérie Bonneton...
En 2002, elle a dirigé Edouard Baer dans son 1er long métrage, Le Bison. Depuis, on a pu la voir dans Pas sur la bouche (Alain Resnais), Essaye-moi (Pef), ou encore Désaccord parfait (Antoine de Caunes). En 2008, elle joue aux côtés de Franck Dubosc dans Disco et revient dans la comédie Agathe Cléry d'Etienne Chatiliez.
On la retrouve en 2009 à l'affiche de la comédie Incognito de Eric Lavaine, aux côtés du chanteur Bénébar, devenu comédien pour l'occasion, et de l'humoriste Franck Dubosc.
