En 1993, elle évoque, dans Etreinte, la recherche de son père qui l'a abandonnée lorsqu'elle était enfant : le film obtient le Prix d'Encouragement de l'Image Forum Festival. Au Festival International du Documentaire de Yamagata en 1995, Etreinte remporte une mention spéciale de la Fipresci, tandis que Katatsumori, portrait de la grand-mère qui l'a élevée, décroche le Prix d'Excellence au New Asia Currents Festival.
En 1997, elle tourne This World en 8 mm, qui retrace sa correspondance avec le réalisateur Hirokazu Koreeda. Naomi Kawase écrit et réalise son 1er long métrage de fiction, Suzaku, qui gagne le prix de la Fipresci en 1997 au Festival du Film de Rotterdam, le Prix de la Meilleure Actrice au Festival du Film de Singapour et la Caméra d'Or au Festival de Cannes. La même année, elle signe Kaléidoscope, portrait de 6 groupes de personnes âgées vivant dans les montagnes de Nishi-Yoshiro qui remporte la Mention Spéciale au Festival Vision du Réel.
Un an plus tard, ce même Festival organise une rétrospective d'une dizaine de ses films, dont notamment Manguekyo. Hotaru est présenté en Compétition Officielle au Festival du Film de Locarno, où il décroche le prix de la Fipresci et celui de la Cicae. En 2002, 2 rétrospectives de son oeuvre ont lieu, à la fois au Festival d'Alba, en Italie, et à la Galerie du Jeu de Paume de Paris.
En 2003, son 3ème long métrage, Shara, est sélectionné en Compétition Officielle à Cannes. 3 ans plus tard, elle tourne tourne un documentaire sur sa grossesse et son accouchement intitulé Naissance et maternité En 2007, elle reçoit le Grand Prix du Jury du Festival de Cannes pour son film La Forêt de Mogari. L'année suivante, elle revient au devant de l'affiche avec If only the whole world loved me.
