Carmen est retenue prisonnière dans le monde virtuel créé par le malfaisant Faiseur de Jouets. C'est à son frère Juni, le plus célèbre des Spy Kids, d'entrer dans ce jeu virtuel et, niveau par niveau, de réaliser de nouvelles performances. Car pour sauver sa soeur et l'avenir du monde, il doit gagner la partie, et il ne peut le faire que de l'intérieur.