Henry, citadin phobique des moutons, décide de suivre les conseils de sa thérapeute en retournant à la ferme familiale pour vendre ses parts à son frère aîné, sans se douter des expériences génétiques qui y sont menées sur les moutons.
Au même moment, des activistes écologiques, au courant de ces pratiques, libèrent un agneau mutant du laboratoire secret. Le fléau va très vite se répandre et transformer tous les moutons en prédateurs très très méchants.
Les habitants de ce village maori se réclament tous du même ancêtre : Paikea, le légendaire ''Whale Rider'' qui y débarqua mille ans plus tôt, juché sur le dos d'une baleine. À chaque nouvelle génération, un descendant mâle du Chef reçoit ce titre qui fait de lui le leader et le gardien spirituel de sa petite communauté. À douze ans, Paï, petite-fille du Chef Koro est une adolescente douée, sensible et volontaire. Depuis la mort de son frère, elle est aussi la seule à pouvoir assurer ce rôle ''viril'', si prestigieux. Mais Koro, gardien d'une tradition millénaire, refuse de voir en Paï son héritière : aucune fille n'a jamais été, et ne sera jamais, ''Whale Rider'' ... Tandis que Koro recrute dans le village des garçons pour les initier aux coutumes ancestrales et sélectionner le plus digne pour en faire un leader, Paï entame un long et courageux combat pour se faire reconnaître et donner enfin à la légende du ''Whale Rider'' sa première héroïne...
