Selon la légende, des jeunes guerriers investis de grands pouvoirs étaient chargés de protéger Athéna, la Déesse de la Guerre. Des années après, c'est désormais la princesse Saori Kido, réincarnation de la Déesse, qui doit recevoir une protection. Cent jeunes orphelins sont alors envoyés à travers le monde suivre une éprouvante formation de chevaliers sacrés. Une fois ces épreuves passées, ils reçoivent des armures célestes les plaçant chacun sous la protection d'une constellation. Mais, les combats ne font que commencer...
Athéna est informée que des troubles auraient éclaté dans le pays nordique d’Asgard. Hyôga est envoyé sur place à la recherche d’informations, mais il ne donne plus aucun signe de vie. Athéna décide de se rendre sur place, accompagnée de Seiya, Shiryû et Shun. Mais un piège les attend...
Lucifer revient sur terre afin de s'emparer du domaine des Dieux. Il projette pour cela de faire appel à Poseïdon, Abel et Eris. Seiya et les Chevaliers de Bronze réussiront-ils à protéger la déesse Athéna et contrer les objectifs du Dieu des Enfers?
Au commencement, il y avait une déesse chargée de protéger la Terre, Athéna. Gardienne de l'équilibre, elle fut cachée des Forces du Mal. Quand sa vie est menacée, Seiya et les Chevaliers de Bronze endossent leurs armures. Ce sont les protecteurs d'Athéna, les Chevaliers du Zodiaque. Pour sauver leur déesse et l’avenir de la Terre, ils vont devoir atteindre le sanctuaire du Grand Pope et y affronter sa légendaire armée des douze Chevaliers d'Or. La plus grande bataille des Chevaliers du Zodiaque débute aujourd'hui.
L'histoire se déroule après la grande bataille qui a opposée Ahténa et ses Chevaliers contre Hadès. Ce dernier est vaincu mais les conséquences sont terribles. Seiya est devenu un être enfermé dans son esprit que Athéna garde et protège chez elle tandis que le reste des autres Chevaliers de Bronze essayent de se soigner de leurs blessures. Soudain, la maison de campagne d'Athéna est attaquée. Seiya est sans défense et subit les foudres d'un guerrier puissant et masqué. Il s'agit de Toma d'Icarus. C'est un des chevaliers d'Artémis, la soeur d'Athéna. Cette dernière vient le prévenir que les Dieux ont décidé de reprendre le contrôle de la Terre et ont attribué le Sanctuaire d'Athéna à Artémis. Quand à notre Saori, elle doit faire face au jugement des Dieux. Nos Chevaliers vont devoir protéger leur Déesse une ultime fois avant de pourvoir trouver le repos qu'ils méritent. Seiya réveille toi de ton sommeil et délivre Athéna...
Seiya, Hyôga et Shun rendent visite aux pensionnaires de l'orphelinat où travaille Miho, l'amie d'enfance du Chevalier Pégase. Hyôga y rencontre notamment une charmante jeune fille blonde, Irina, qui vient de s'engager dans l'établissement pour s'y occuper des enfants. Lors d'une ballade nocturne avec Hyôga, le regard d'Irina est capté par une étrange étoile filante de laquelle tombe une pomme d'or qu'elle seule peut voir ! Complètement hypnotisée, et après avoir convaincu Hyôga de la laisser seule, elle retrouve la pomme et au moment où elle la touche, de macabres tombes commencent à s'ouvrir un peu partout sur la planète...