Après un contact avec une mystérieuse substance chimique, quatre tortues vivant dans les canalisations new-yorkaises se transforment en tortues géantes. Formés par un vieux rat sage, Leonardo, Michaelangelo, Donatello et Raphael, par ailleurs amateurs de pizzas, apprennent les techniques des guerriers ninjas afin d'affronter le terrible Shredder dans le but avoué est d'asservir les mondes.
Découverts par le rat Splinter alors qu'ils baignaient dans un liquide radioactif, quatre bébés tortues ont subi une transformation génétique, devenant de vigoureux bipèdes aux facultes intellectuelles élevées. Fort de ses connaissances acquises auprès d'un maître Ninja, Splinter les format pour lutter contre le crime...
Les quatre Tortues ninja parviennent à découvrir l’origine de la substance ayant provoqué leur mutation. Malheureusement, le terrible Shredder la découvre avant eux et l’utilise pour muter et décupler ses forces…
Nous retrouvons les fameuses tortues dans la province de Shingu dans le japon du XVIIᵉ siècle où, grâce à un sceptre magique, de nouvelles aventures à travers le temps les attendent.