Un message est arrivé de Kid the Phantom Thief, selon lequel il volera une épée japonaise appartenant à la riche famille Onoe à Hakodate, Hokkaido. Conan et Heiji Hattori, qui se trouvaient à Hakodate, sont sur le coup pour capturer Kid. Par coïncidence, l'avocat de la famille d'Onoe est retrouvé assassiné dans le quartier des entrepôts, apparemment abattu par une épée japonaise. Le suspect est un investisseur/trafiquant d’armes qui serait à la recherche du trésor caché de la famille Onoe. Au Nord, parmi les cerisiers en fleurs, la passionnante chasse au trésor commence !
Selon une légende urbaine, un mystérieux tunnel offre à celui qui ose s’y aventurer ce qu’il désire de plus cher… Mais à un prix: le temps s’écoule à un autre rythme rendant l’expérience dangereuse. Kaoru, un jeune lycéen, vit tant bien que mal depuis la disparition de sa petite sœur. Un jour, il découvre par hasard le tunnel, mais se rend compte qu’il est suivi par Anzu, une jeune fille venant d’arriver dans le même lycée. Elle lui propose son aide pour tenter l’expérience. Mais que va-t-elle lui demander en échange ?
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Sur l'île de Hachijojima, Tokyo, une équipe internationale d’ingénieurs est réunie pour une opération à grande échelle au sein de "La bouée du Pacifique", une installation en mer permettant de relier entre elles les caméras de sécurité des polices du monde entier. Pendant ce temps, Conan qui visite l’île avec les Détectives Juniors apprend qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne l’Organisation des Hommes en Noir. Inquiet, Conan se faufile dans la bouée du Pacifique et découvre qu'une femme ingénieur a été kidnappée par l'Organisation. Un grincement lugubre résonne à travers les fonds marins tandis qu’une ombre noire plane sur Ai Haibara…
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Le quartier de Shibuya à Tokyo bat son plein pour la saison d'Halloween. La détective Miwako Sato est en robe de mariée devant un parterre d’invités, dont Conan bien sûr ! Soudain, un agresseur fait irruption dans la salle de réception et le détective Wataru Takagi, est blessé en tentant de protéger Sato. L’image de la Faucheuse qu’elle avait alors vue au-dessus du détective Matsuda plane désormais sur Takagi. Au même moment, voilà que l'auteur de l’explosion responsable de la mort de Matsuda s'évade de prison. Piégé par une mystérieuse personne déguisée, le détective Rei Furuya se retrouve avec une bombe autour du cou. Conan le retrouve dans l'abri souterrain où il se cache pour essayer de désarmer la bombe et là, ce dernier lui raconte les détails d'un incident ayant impliqué ses camarades de classe de l'académie de police : 3 ans plus tôt, ils ont rencontré un poseur de bombes nommé «Plamya» à Shibuya.
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Le Japon se prépare à accueillir les Jeux Sportifs Mondiaux (JSM) à Tokyo. Le tout nouveau train à très grande vitesse Maglev, la « Balle japonaise » est le premier au monde à opérer dans un tunnel sous vide. Ce bijou de la technologie japonaise, capable d’atteindre 1000 km/h, sera inauguré à l’ouverture des JSM. Lors d’une fête organisée pour les sponsors des jeux, d’étranges incidents ont lieu, puis des personnalités sont kidnappées.
Conan enquête et trouve un lien potentiel avec les kidnappings qui ont eu lieu aux JSM de Boston 15 ans auparavant.
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Enmu, la première Lune Inférieure, a été chargé de tuer Kamado Tanjirô pour devenir une Lune Supérieure et avoir plus sang de Muzan. Pendant ce temps, Tanjirô, Zen'itsu et Inosuke décident d'acheter des billets pour monter à bord du train de l'infini et ainsi rejoindre Rengoku Kyôjurô, le Pilier de la flamme, dans l'espoir d'en apprendre davantage sur la danse du dieu du feu.
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Une énorme tempête de feu a dévasté la moitié des villes du monde, affaiblissant les hommes et donnant naissance à des mutants capables de manier le feu, les Burnish. 30 ans plus tard, un groupe de mutants terroristes, appelés les Mad Burnish, menacent de détruire de nouveau la Terre. Le seul rempart de l’humanité ? La Burning Rescue, une équipe de pompiers d’un nouveau genre. Galo Thymos et son équipe vont tout faire pour arrêter les Mad Burnish.
