Au cours de l'été 1955, un monstre surgit des profondeurs de l'océan, attaque les navires et provoque l'engloutissement d'une île au large de Tokyo.
Dans le Japon d'après-guerre, recouvert par les neiges, un simple d'esprit est plongé dans un univers de passions destructrices. Une adaptation du roman de Dostoïevski par l'auteur de «Kagemusha».
Malgré les avertissements de Sanjuro, un personnage sorti de l'ombre, neuf samouraïs, voulant en finir avec la corruption, se fient à l'inspecteur Kikui. Celui-ci fait détruire leur maison par ses hommes. Par vengeance, les samouraïs décident de s'allier à Sanjuro pour combattre Kikui et rétablir l'ordre dans la région.
Japon, fin des années quarante. Kameda, totalement désinterressé de sa fortune qu'a fait prospérer Ono, n'a qu'une idée : conquérir le coeur de Taeko. Mais lors de l'anniversaire de la jeune fille, le riche Akama la relance puis la tue voyant qu'elle préfére Kameda. Ils veilleront tous les deux le corps de Taeko.
Deux samouraïs victorieux, Washizu et Miki, s'égarent dans la forêt de l'Araignée alors qu'ils vont annoncer leur victoire à leur seigneur. Une sorcière apparaît et promet à Washizu une promotion imminente et pour un avenir plus lointain le rang de seigneur. La première prédiction se réalise dès l'arrivée au château.
Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidrah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.
Deux paysans, voulant fuir les guerres civiles du XVIè siècle japonais, sont malmenés par le général Makabe qui les force à travailler. Ils rencontrent une femme, qui se révèle être la princesse Yuki. Les deux paysans, la princesse et le général tentent de rejoindre un territoire ami à travers les affres de la guerre civile.
En descendant d'un train bondé, le jeune policier Murakami se fait voler son révolver qui contient sept balles. Il tente de retrouver le voleur mais celui-ci a déjà fait une victime. Murakami, aidé du commissaire Sato, mène l'enquête et retrouve le meurtrier. Mais celui-ci abat Sato...
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Une série de naufrages inexpliqués défraie la chronique japonaise. Au même moment, à la suite de plusieurs pêches infructueuses, les insulaires de l'île Odo organisent une cérémonie pour apaiser la colère de "Gojira", un dragon marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Mais la nuit venue, quelque chose débarque sur l'île dans une tempête et piétine le village. Le lendemain, le professeur Kyohei Yamane examine le sol et découvre des traces de radioactivité ainsi qu'un trilobite. Un gigantesque monstre reptilien apparaît bientôt aux yeux de tous, avant de s'enfoncer dans la mer.
Au XVIè siècle, au Japon, des brigands ravagent les villages. Les paysans décident d'embaucher des samouraïs et en trouvent sept. Ces hommes organisent la défense du village contre quarante brigands. Dans la bataille finale, quatre d'entre eux trouveront la mort, mais les paysans sont victorieux car débarrassés de leur peur.
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XIIè siècle. Pour se protéger de la pluie, un bucheron s'abrite sous une porte en compagnie d'un bonze et d'un homme du peuple. Il leur raconte comment il a découvert le cadavre d'un samouraï dans la forêt voisine. La police a un coupable présumé mais les témoins de l'affaire, y compris l'esprit du mort ont des versions différentes...
