Une capsule spatiale renfermant un chimpanzé revient sur Terre. Elle contient également une substance inconnue qui permet au singe, ainsi qu’à un scorpion, d’atteindre des tailles gigantesques, entraînant une lutte pour la domination du monde.
Un groupe de dirigeants réveille accidentellement une créature ancienne enfouie sous le plancher océanique. Pour sauver l'humanité, une alliance improbable doit se former entre un gigantesque singe et son ennemi juré mécanique, Mecha Ape MkII.
Après avoir pris conscience du potentiel destructeur d'Abraham, un gorille géant qu'elle a capturé, l'armée américaine crée un robot doté d'une intelligence artificielle et prêt au combat, Mecha Ape. Malheureusement, l'expérience tourne mal.