Une éponge de mer jaune nommée SpongeBob SquarePants, qui aime être cuisinier à Krusty Krab, vit dans l'océan Pacifique. Il se lance dans diverses aventures avec ses amis de Bikini Bottom.
Bien décidé à prouver à M. Krabs qu’il est désormais un grand garçon, Bob se lance sur les traces du légendaire Hollandais Volant, un redoutable pirate fantôme. Cap sur une épopée déjantée, entre fous rires, frissons et péripéties sous-marines, jusque dans les abysses les plus mystérieux de l’océan — là où aucune éponge n’a jamais osé plonger !
Suite à l’escargotnapping de Gary, son compagnon de toujours, Bob entraîne Patrick dans une folle aventure vers la Cité Perdue d’Atlantic City afin de le retrouver. A travers cette mission sauvetage pleine de surprises, de merveilles et de dangers, Bob l’Éponge et ses acolytes vont réaliser que rien n’est plus fort que le pouvoir de l’amitié.
À Bikini Bottom, quelqu'un a volé la couronne du roi Neptune, et le patron de Bob l'éponge, M. Krabs, figure en tête des suspects. Convaincus de son innocence, Bob et Patrick partent pour Shell City avec l'intention de le disculper et de restituer sa couronne à Neptune.