Le premier film était une adaptation d'après le roman de Jean-Christophe Grangé. Cette suite est en revanche un scénario original écrit par Luc Besson, également producteur du film.
Le même jour, à 300 Kms de distance, 2 flics se voient confier 2 affaires singulières : un meurtre avec mutilation et une tombe d'enfant profanée. Bientôt, leurs enquêtes se rejoignent. Les meurtres se multiplient. La vérité dépassera toutes les hypothèses, et emmènera les 2 policiers en haute altitude, aux portes de la mort et de la glace...
De mystérieux moines dotés d'une force surnaturelle éliminent spectaculairement des victimes ayant le même prénom et la même profession que les apôtres. Aidés de Marie, spécialiste en histoire religieuse, le commissaire Niemans et le jeune capitaine Reda tentent de percer le terrible secret que protègent ces anges de l'Apocalypse.