Le petit oiseau Pippo s'était laissé distancer par son vol. Lotte décide de partir à la poursuite de la bande pour ramener Pippo à sa famille. Elle est accompagnée de son père Oscar, un inventeur qui vient de mettre au point une machine volante, et de Klaus, un vieux voyageur.
Une nuit, deux mystérieux étrangers s'introduisent à Gadgetville, le village des inventeurs, pour fouiller la maison du vieil explorateur. Lotte les surprend alors qu'ils s'enfuient en laissant tomber la pierre jaune qu'ils viennent de dérober. Son oncle lui raconte alors que, lors de son dernier voyage dans la montagne avec deux amis, ils avaient trouvé dans une grotte trois pierres mystérieuses, qu'ils s'étaient ensuite partagées. Lotte devine que ce ne sont pas des cailloux ordinaires mais des pierres dotées de pouvoirs magiques et elle décide de les rassembler toutes trois pour résoudre le mystère. Ils partent alors sur les routes : ils iront au pays des rêves, traverseront un labyrinthe de pluie, sui-vis de près par les deux étrangers qui s'avèrent être des lapins venus de la Lune, bien décidés à retrouver eux aussi les fameuses pierres…
Lotte reçoit une petite sœur qu'on appelle Roosi. Deux savants, Karl et Viktor, arrivent à Gadgetville pour participer à un grand concours de collecte de chansons folkloriques. Celui qui parviendra à enregistrer la chanson folklorique de l'espèce animale la plus ancienne du monde remportera le grand prix du concours. Lotte et Roosi décident d'aider les deux savants. Des aventures palpitantes et pleines de surprises attendent les deux sœurs.
A Gadgetville, un petit village en bord de mer quelque part en Europe, les habitants rivalisent d'ingéniosité pour inventer toutes sortes de gadgets domestiques. Tous les ans, les villageois organisent le concours de la meilleure invention. Oskar, le père de Lotte, est l'un des inventeurs les plus talentueux que compte le village. Son principal rival est Adalbert le lapin, accompagné de sa femme qui fait tout son possible pour l'aider à gagner le concours. En effet, une victoire serait très importante pour leur famille et apporterait l'honneur et la gloire au clan des lapins.