Chaque année, trois frères Samuel, Jeffrey et Michael Douglas rendent visite à leur grand-père japonais, Mori Shintaro que les garçons appellent affectueusement grand-père, pour l'été. Mori est très compétent dans les domaines des arts martiaux et du Ninjutsu, et depuis des années, il forme les garçons à ses techniques.
Les 3 ''Ninjas Kids'', Rocky, Colt et Tum Tum, sont sollicites par le frere de leur grand-pere Mori qui doit ramener au Japon une dague d'apparat, cle d'une cache d'or secrete dont une bande de hard-rockers dejantes veut s'emparer. Pourront-ils mener a bien cette mission et revenir a temps disputer le match de base-ball de l'annee ?
Les trois frères ninja partent pour le parc d'attraction Mega Moutain ou ils espèrent rencontrer la superstar de TV Dave Dragon. Pendant que les garçons s'amusent, le maléfique Lotahr Zong et ses sbires prennent en otage tout le parc et demandent une rançon de dix millions de dollars. En voyant leur star favorite se faire capturer par les bandits, les garçons vont passer a l'offensive en utilisant leurs formidables pouvoirs et sauver ainsi leur héros et les autres otages.
Sous la direction de leur grand-père Mori, les jeunes Rocky, Colt et Tum Tum s'initient à l'art guerrier des Ninjas. Leur père Sam, agent du FBI, est aux prises avec le trafiquant d'armes et maître Ninja Snyder. Contre-attaquant, ce dernier fait capturer les enfants par sa troupe de guerriers, et les retient prisonniers sur son paquebot.
Les 3 "Ninjas Kids", Rocky, Colt et Tum Tum, sont sollicites par le frere de leur grand-pere Mori qui doit ramener au Japon une dague d'apparat, cle d'une cache d'or secrete dont une bande de hard-rockers dejantes veut s'emparer. Pourront-ils mener a bien cette mission et revenir a temps disputer le match de base-ball de l'annee ?