Les ninjas de Dokutake volent une cargaison de salpêtre au père de Shinbei. Ils comptent l'utiliser pour créer un médicament qui les fera voler et devenir des super-ninjas ! Danzou, dont le père transportait la marchandise, s'enfuit clandestinement et est emmené au quartier général secret de Dokutake. Lorsque Shinbei informe l'école, Yamada-sensei et Doi-sensei accourent à son secours. Mais Hagumi décide de prendre les choses en main et de tenter de sauver Danzou lui-même. Mais les choses ne se passent pas comme prévu, et bientôt, ils doivent tous être secourus eux aussi. Heureusement, Rikichi, le fils de Yamada-sensei, est là pour les aider ! D'ailleurs, tout le monde se met rapidement au travail ! Mais Rantarou et ses amis parviendront-ils à arrêter Happousai avant qu'il ne soit trop tard ?
Les élèves de l'Académie de Ninjutsu reviennent de vacances d'été et apprennent qu'à cause d'une erreur de Komatsuda, tous leurs devoirs d'été ont été mélangés. Kisanta, qui avait reçu un devoir pour une sixième année, a disparu après avoir tenté de s'infiltrer dans le château d'Oomagatoki pour voler le fundoshi de leur seigneur. Un groupe comprenant Shinbei et Kirimaru est envoyé à sa rescousse, mais comme Oomagatoki est en guerre avec le château de Tasogaredoki, la mission risque d'être difficile.
À l'Académie Ninjutsu, Doi enseigne aux jeunes ninjas "Nintama". Un jour, il part se confronter à un ninja du clan rival, mais disparaît sans laisser de traces. Les Nintamas s'inquiètent pour lui. Au même moment, l'Académie reçoit des nouvelles inquiétantes comme quoi leurs rivaux au Château Dokutake trameraient quelque chose.