En 1998, X-Files gagne le grand écran avec le long métrage Fight the Future de Rob Bowman dont l’intrigue s'intercale entre les saisons 5 et 6, cette dernière reprenant l’histoire là où le film s’arrête. Avec une recette au box-office mondial dépassant à peine son budget, c’est un succès très modéré, mais qui satisfait les fans de la série. Un deuxième film a vu le jour en 2008, réalisé par Chris Carter lui-même. Manque de chance, à quelques jours du début du tournage, Chris Carter perdit le script du film. Contraint à tout réécrire en urgence, cette péripétie serait – dit-on – à l'origine du relatif insuccès du film. L’action de Régénération se déroule plusieurs années après la fermeture du bureau des affaires non classées. L’ex-agent Scully exerce comme médecin; quant à Mulder, il se terre dans un appartement loin de toute conspiration extra-terrestre. Les deux héros seront néanmoins contraints de répondre à l’appel du FBI confronté à une épidémie de disparitions mystérieuses.
Les inénarrables aventures de l'agent Fox Mulder et de sa coéquipière Dana Scully adaptées ici pour le grand écran. Tout commence par la découverte, au nord du Texas, d'ossements préhistoriques dans une grotte par un jeune garçon. A leur contact un mystérieux parasite pénètre sa peau et envahit son organisme. Le corps de l'enfant est évacué par un certain Bronschweig avant l'arrivée des secours. Mulder et Scully vont bientôt découvrir un projet de guerre bactériologique par la propagation d'un virus. Le nord du Texas servirait de champ d'expérimentation...
De nouveau plongé dans le paranormal et le mystère, l'agent Mulder poursuit sa quête de la vérité, accompagné de l'agent Scully.<br>
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Dans une région glaciale et reculée de Virginie, des femmes disparaissent en laissant comme seuls indices des restes humains. La police fait appel à un prêtre dont les visions portent sur une mystérieuse expérience médicale.<br>
Le bureau des X-Files est contraint de réouvrir pour enquêter sur ces crimes sanglants, d'autant plus que Mulder et Scully semblent être les seuls capables de les résoudre.