Wolverine, le personnage le plus emblématique de l’univers des X-Men, est entraîné dans une aventure ultime au cœur du Japon contemporain. Plongé dans un monde qu’il ne connaît pas, il doit faire face au seul ennemi de son envergure, dans une bataille à la vie à la mort. Vulnérable pour la première fois et poussé au bout de ses limites physiques et émotionnelles, Wolverine affrontera non seulement l’acier mortel du samouraï mais aussi les questions liées à sa propre immortalité.
Le film Wolverine nous fait découvrir les origines du plus rebelle des héros Marvel et son histoire avant les événements de la Trilogie X-Men. Après avoir intégré le programme militaire ''Weapon X'' qui transforme les mutants en armes vivantes, Wolverine n’a de cesse de retrouver ceux qui ont tué son père et la femme qu’il a aimée.
Dans un futur proche, un certain Logan, épuisé de fatigue, s’occupe d’un Professeur X souffrant, dans un lieu gardé secret à la frontière Mexicaine. Mais les tentatives de Logan pour se retrancher du monde et rompre avec son passé vont s’épuiser lorsqu’une jeune mutante traquée par de sombres individus va se retrouver soudainement face à lui.