Une catastrophe d'une ampleur sans précédent s'est abattue sur la planète Terre, causant la mort de la moitié de la population et laissant le monde meurtri à tout jamais. Après cet évènement terrible que l'histoire retiendra sous le nom de ''Second Impact'', les survivants reprennent peu à peu leur vie quotidienne.
C'est alors qu'un adolescent de 14 ans, Shinji Ikari, est convoqué à Tokyo 3 par son père, qui travaille au sein de la NERV, une organisation ultra secrète. Celui-ci lui révèle que la NERV a développé une arme humanoïde gigantesque, l'Eva-01, dans le plus grand secret. Il ordonne à Shinji de prendre immédiatement les commandes de ce robot et d'aller affronter l'Ange, une créature géante apparue sur la ville...