Au final entre 1995 et 1999 il tourne plus d'une dizaine de courts-métrage qui seront récompensés dans différents festivals nationaux et internationaux, notamment le Prix spécial du jury au festival de Clermont Ferrand pour Vivre dans le brouillard, tourné en Betacam en 1997.
Grâce à cette petite notoriété il collabore à de nombreux films iraniens comme Le vent nous emportera d'Abbas Kiarostami ou Tableau noir de Samira Makhmalbaf.
En 1999, i réalise son premier long métrage : Un temps pour l'Ivresse des chevaux, l'histoire de cinq frères et sœurs orphelins. Ce film est le premier film kurde à être fait en Iran, un début de reconnaissance d'une culture longtemps mise à l'écart. Un temps pour l'Ivresse des chevaux reçoit une caméra d'or au festival de Cannes en 2000.
Deux ans plus tard, Bahman Ghobadi réalise son deuxième long métrage : Les Chants du pays de ma mère, et retrouve Cannes mais cette fois dans le jury de la caméra d'or.
Son troisième film Les tortues volent aussi montre le profond engagement du réalisateur pour la cause des enfants. Le film raconte avec beaucoup de poésie les histoires d'enfants qui ramassent des mines puis les revendent.
En 2009 Nobody knows about Persian Cats fait partie de la selection Un certain regard à Cannes.