En 1998, Benjamin Marquet est stagiaire régie aux Films Alain Sarde. En 2000, il devient régisseur et assistant mise en scène à la Franco American Films. Il signe une publicité pour Disneyland Paris, avant de réaliser un court-métrage, La Vie en Beau.
Un an après, il est assistant metteur en scène sur le film Un Couple Model. Puis il reprend la fonction de régisseur pour les oeuvres L'Adversaire de Nicole Garcia et Décalage Horaire de Danielle Thompson.
En 2005, il réalise et produit le documentaire L'Humanologue. En 2008, il signe le documentaire Lads & jockeys, sur le monde de l'équitation, vécu par de jeunes compétiteurs.
