Cesar Charlone est né en Uruguay. Après être sorti de l'école de cinéma de Sao Paulo, il a
principalement travaillé au Brésil.
En 1997, il s'installe définitivement au Brésil et y mène une carrière de réalisateur. Il réalise alors plusieurs épisodes de la série télé Cidade dos Homens (La Cité des hommes) dont il signe aussi les
scénarii. Depuis, il alterne réalisation et photographie.
En 2001, il assure la photographie de La Cité de Dieu, réalisé par Fernando Meirelles, pour laquelle il reçoit, entre autres, la plus haute récompense du Festival de Lodz et qui lui vaut d'être nominé aux Oscars.
En 2003 il travaille avec
Spike Lee et de nouveau avec Fernando Meirelles sur The Constant Gardener.
En 2007, il co-réalise avec Enrique Fernandez Les toilettes du Pape.
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