Il est né en 1963 à Niort. Il a suivi des études à l’École nationale des beaux-arts de Bourges de 1981 à 1987. En 1994, il est pensionnaire à la Villa Medicis à Rome pour l’écriture d’un scénario. Il l’adapte pendant son séjour et réalise son premier long-métrage : Les Semeurs de peste (Fr-2005).
Christian Merlhiot a enseigné le cinéma dans plusieurs écoles d’art notamment à Angoulême, Nancy et Bourges. Il est actuellement responsable pédagogique au Pavillon, Laboratoire de création du Palais de Tokyo à Paris.
Il est fondateur de pointligneplan, un collectif qui situe ses enjeux au croisement des arts plastiques et du cinéma. Son film Silenzio, est sorti en salle au printemps 2006.
Parallèlement au film, Des indes à la planète Mars a donné lieu à un Atelier de création raphiophonique pour France Culture, diffusé sur les ondes en février 2007.
En 2007, il co-réalise avec Matthieu Orléan Des Indes à la planète mars.
