Costa Botes est cinéaste indépendant en Nouvelle-Zélande depuis le début des années 1980. Son court-métrage La Faucille de Staline a remporté le prix du jury au Festival du court-métrage de Clermont-Ferrand en 1988. Oubliée, une fausse documentaire coécrite et codérigée avec Peter Jackson en 1995, a créé une sensation nationale. Elle a remporté un prix spécial de la critique au Festival de Venise et est devenue une œuvre culte dans le monde entier.
Son premier long-métrage, Saving Grace (1997), a été sélectionné en compétition aux festivals de cinéma de Valladolid, Asia-Pacifique et Fantasporto. De 1999 à 2003, il a documenté la réalisation de l'épique trilogie Le Seigneur des anneaux de Peter Jackson avec trois documentaires de long-métrage correspondants. Ceux-ci ont été édités dans un coffret DVD en édition limitée en 2006, puis inclus dans la collection définitive en Blu-ray sortie en 2011.
Costa a fondé sa propre maison de production, Lone Pine Film & TV Productions, en 2005 pour réaliser des documentaires indépendants. Parmi ceux-ci figurent Struggle No More (2006), une biographie du plus grand groupe inconnu de Nouvelle-Zélande, et Yes That's Me (2008) sur un musicien de blues atteint de troubles bipolaires. Il a photographié, produit et monté le documentaire Lost In Wonderland en 2009, en encadrant sa jeune réalisatrice, Zoe McIntosh. Celui-ci a été présenté au Festival du film de Nouvelle-Zélande et a remporté des prix pour la photographie et le meilleur documentaire l'année suivante aux Qantas NZ Film & TV Awards. Costa a écrit et produit un autre film pour Zoe, un court-métrage en 35 mm intitulé Day Trip (2010). Il a été sélectionné pour être projeté dans de nombreux festivals internationaux, dont Tribeca, Clermont-Ferrand et Hawaii. Il a remporté le Prix Signis à Espression En Corto au Mexique et le meilleur court-métrage au Festival du film des Premiers peuples de Montréal. Son documentaire suivant, Candyman: The David Klein Story (2010), racontait l'histoire de l'excentrique génie américain des bonbons qui a inventé les bonbons Jelly Belly. Il a été présenté en première à Slamdance et Hot Docs en 2010 et a remporté le prix du meilleur documentaire du choix du réalisateur au Festival du film de Rincon Puerto Rico. Il a suivi avec deux documentaires de long-métrage : Daytime Tiger (2011), un film sur la manie, et The Last Dogs of Winter (2012), sur un homme qui lutte pour préserver les rares chiens de traîneau inuits de l'extinction. The Last Dogs of Winter a eu sa première mondiale en tant que sélection officielle au Festival international du film de Toronto.
Act of Kindness (2015), un documentaire sur les expériences d'un jeune Néo-Zélandais au Rwanda après le génocide, a remporté le prix du meilleur montage au Festival du film documentaire de Melbourne.
Costa a également écrit et produit en tant que producteur exécutif un autre court-métrage dramatique pour la réalisatrice Zoe McIntosh. The World in Your Window (2017) a été projeté dans de nombreux grands festivals internationaux et a remporté des prix à Clermont-Ferrand, Tokyo, Melbourne, FlickerFest, Vancouver, Prague et Tahiti. Son travail le plus récent, Angie (2018), a été présenté en première au Festival international du film de Nouvelle-Zélande. Un critique l'a décrit comme une « merveille profonde, sombre et audacieuse ». Un autre critique a écrit : « Costa Botes réalise des films depuis plus de 30 ans : ANGIE est son meilleur film à ce jour. Il a toujours eu une main de maître quand il s'agit de matériel émotionnel. Il a la capacité de se fondre dans l'arrière-plan magnifiquement cadré et de laisser parler les sujets, son montage impeccable tissant un sort narratif ».