Egbert-Jan Weeber a grandi à Haren, où il a suivi des cours de théâtre au Centre local des Arts et de la Culture dès son plus jeune âge. À quatorze ans, après avoir assisté à une représentation de la Vooropleiding Theater (Les Noorderlingen) au Stadschouwburg van Groningen, il a décidé de s'inscrire immédiatement à la compagnie.
En 2000, Weeber est apparu pour la première fois dans la série Finals de BNN. Un an plus tard, il a décroché son premier rôle principal. Il a été nominé pour un Golden Calf. En 2002, Weeber joue aux côtés de Katja Schuurman dans Oesters van Nam Kee. Pour son rôle dans le film Van God Losing en 2003, il reçoit à nouveau une nomination aux Golden Calf.
En 2012, Weeber apparaît dans la série télévisée et le film historique Michiel de Ruyter (2015), aux côtés de Frank Lammers et Charles Dance, où il incarne le prince Guillaume III d'Orange. En 2016, Weeber joue dans le film Si le soleil explosait, récompensé par le MovieZone NFF Award.
Weeber se produit régulièrement comme DJ dans des festivals depuis l'âge de seize ans. Il a notamment performé à Mysteryland et à l'Amsterdam Dance Event. En 2005, Weeber présente l'émission radiophonique Spam sur 3FM.