Elli décide alors de poursuivre son chemin en solo, avec l'aide de son ami Jacno. Elle commence par la BO du film de Rohmer "Les Nuits de la Pleine Lune" et poursuit avec son 1er album "Bom Bom". Elle se produit sur scène jusqu'à sa collaboration avec Etienne Daho pour son 2ème opus.
Elle retrouve ensuite le théâtre, abandonnant complètement la chanson. Depuis, Elli Medeiros se consacre essentiellement au cinéma, en tant qu'actrice, mais aussi scénariste et réalisatrice, courts et longs métrages avec des réalisateurs comme Olivier Assayas, Philippe Garrel, Eric Rohmer, Marion Lainé, Solveig Dommartin, et Tonie Marshall: "Vénus Beauté", "Institut "ou "Jet Set". Elle publie en septembre 2006, son meilleur opus à ce jour, produit toujours avec Étienne Daho et encensé par les critiques et simplement intitulé, E M.
Côté grand écran, on la retrouve en 2008 à l'affiche de Leonora de Pablo Trapero.