Né à Chicago, il fut acteur dans des compagnies théâtrales itinérantes avant de faire ses débuts au cinéma en 1912. En rejoignant le Fine Arts Studio de D.W. Griffith en 1914, il fut distribué dans le rôle de l'officier de l'Union Phil Stoneman dans « La Naissance d'une nation » (1915) et dans celui de La Rhapsodie dans l'histoire babylonienne « Intolérance » (1916). Il servit également comme directeur de deuxième équipe pour ces films. Promu réalisateur en 1917, Clifton supervisa plusieurs comédies Fine Arts couronnées de succès mettant en vedette Dorothy Gish tout en continuant à servir d'assistant à Griffith. Leur collaboration aboutit au blockbuster « Way Down East » (1920). Clifton tourna une grande partie de la célèbre séquence du « Sauvetage sur la glace » et doubla la vedette Richard Barthelmess dans les scènes les plus périlleuses. Il quitta ensuite Griffith pour former sa propre compagnie de production et remporta un succès retentissant avec « Down to the Sea in Ships » (1922), une saga baleinière colorée tournée sur location en Nouvelle-Angleterre. Ce film fit la vedette de la future « It Girl » Clara Bow, qui apparaissait dans le rôle d'une passagère clandestine travestie. En 1923, Clifton signa un contrat lucratif de sept ans avec Fox et semblait promis à devenir l'un des grands réalisateurs d'Hollywood. Puis la tragédie frappa. Il tournait « The Warrens of Virginia » au Texas lorsque sa vedette féminine décéda des suites de brûlures dans un accident survenu sur le plateau. Bien que Clifton fût innocent de l'incident, il fut congédié par Fox et sa carrière ne retrouva jamais son élan.
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