Dans l'est africain, un monde sans homme, la vie animale diurne consiste, pour des espèces d'une extraordinaire variété, à examiner avec indifférence un entourage bien réglé et à se nourrir inlassablement. Mais la nuit tombée, un autre monde apparaît, qui s'organise par le sang et la mort, et où tout n'est plus que lutte ou esquive.
''L'arche et les déluges'' est un film de fiction naturaliste, une fresque de la nature dans laquelle les éléments, les précipitations, les minéraux, les paysages, les végétaux et les animaux sont appréhendés sans privilégier les uns ou les autres, à l'exception de l'eau, l'un des principes de la vie les plus essentiels.