Durant la seconde guerre mondiale, sa famille fuit Paris pour s'installer dans la campagne tarnaise. Au divorce de ses parents, il quitte la France pour l'Espagne, avec son père. Son rêve d'enfant est de devenir peintre. Il décide en 1948 de monter à Paris pour faire les Beaux-Arts.
Sa carrière, il la doit à un coup du hasard. En 1959, ses amis l'incitent à passer un concours de chant organisé par Europe 1. Il s'en suivra un contrat avec la maison de disque Barclay et un premier 45 tours "Y'avait Fanny qui chantait". Santiano son premier gros tube sort en 1961. Il devient alors une idole. En 1963, il fera la première partie de Johnny à l'Olympia.
Artiste engagé et écolo, ses chansons commencent très vite à être chantées dans les écoles. Artiste peu commun, il préfère rester en retrait du show business. En juin 83, il décide de renouer pendant avec la grande scène de l'Olympia. En 85, il participe à l'opération "Chanteurs sans frontières" qui apportera son soutien à l'Ethiopie.
En 90, Hugues fête ses trente ans de carrière et revient sur le devant de la scène avec un album réunissant ses seize plus grands succès. En 1999, son album "Chacun sa mer" met en avant les thèmes qui lui sont chers : la mer, la paix. En 2005, deux albums sont dans les bacs : le premier est un hommage à Félix Leclerc le second est un live, "Plus live que jamais".
En 2009, Hugues Aufray propose l'opus New Yorker dans le quel il adapte en français les chansons de son ami Bob Dylan. Le tout avec de nombreux artistes français comme Johnny, Carla Bruni, Souchon, Voulzy, Birkin et bien d'autres.
