Maillot est né le 12 avril 1962 à Besançon.
Il a d'abord débuté en réalisant des courts-métrages, dont 75 cl de prières et Corps inflammables.
C'est en 1999-2000 qu'il réalise son 1er long-méétrage intitulé Nos vies heureuses, qui est sélectionné en compétition officielle à Cannes.
Il a également travaillé pour la télévision puisqu'il a réalisé Froid comme l'été et a scénarisé Les prédateurs de Lucas Belvaux.
Dans son 2ème long-métrage Les liens du sang, il adapte le livre écrit par les frères Papet et raconte l'histoire de 2 frères, l'un flic et l'autre voyou, interprétés par Guillaume Canet et François Cluzet.