Captivé par les dinosaures et les animaux d'Afrique quand il était enfant, Honeyborne n'a jamais cessé de se passionner pour la nature. A l'âge de 8 ans, il découvre la série documentaire Life on Earth de David Attenborough à la télévision : son intérêt pour les sciences naturelles ne fait que se confirmer. Mais c'est après avoir rencontré par hasard une équipe de tournage d'un film animalier, à l'âge de 18 ans, qu'il décide de se consacrer à la réalisation de documentaires plutôt qu'à une carrière de biologiste.
Après avoir décroché son diplôme universitaire, il choisit de rejoindre la BBC plutôt que d'entamer un doctorat. Débutant comme “employé des archives cinématographiques”, il se met progressivement à apprendre la réalisation. Il devient ensuite documentaliste pour Wildvision, filiale de l'Unité Histoire Naturelle, où il concocte des magazines animaliers pour Discovery Channel et Animal Planet.
Il travaille ensuite sur plusieurs émissions en direct pour la BBC avant de collaborer avec le producteur indépendant John Downer pendant 5 ans où il acquiert une expérience précieuse du tournage en milieu naturel. La série Supernatural utilise la technique révolutionnaire du “time-slice” qui inspirera les créateurs de Matrix. Il collabore ensuite à la série Weird Nature, saluée par la critique.
Depuis, James travaille avec les plus grands documentaristes animaliers comme Sir David Attenborough. Il a ainsi filmé plusieurs espèces animales, comme les baleines à bosse, les faucons pèlerins et les frelons géants. Il a aussi conçu une série de spectacles sous-marins avec la championne mondiale de plongée en apnée Tanya Streeter. Il a réalisé niotamment Associations singulières, et Légitime défense (1998).
La Famille Suricate, en 2008, est son premier long métrage documentaire.
