Il obtient en 1982 le Premier prix du concours international d'improvisation au piano de la Ville de Lyon et entre comme pianiste soliste à Radio France. Il est lauréat de l'Institut (Prix Georges Bizet de composition musicale) et de la Fondation de France. Pianiste au sein du Nouvel Orchestre philharmonique de Radio France de 1985 à 1988 puis pianiste improvisateur en résidence au Festival international Ciné-Mémoire (de 1992 à 1996), il prend la direction artistique de l'Ensemble Phoenix en 1994. Professeur d'orchestration au Conservatoire national de région d'Aubervilliers-La Courneuve de 1995 à 1997, il devient professeur d'harmonie au Conservatoire national supérieur de musique de Paris et professeur associé d'orchestration au Conservatoire national supérieur de musique de Lyon.
Compositeur et pianiste improvisateur, Jean-François Zygel est aujourd'hui reconnu en France et à l'étranger comme l'un des meilleurs spécialistes de l'accompagnement en concert de films muets. On lui doit notamment les partitions de Nana de Jean Renoir (commande du musée du Louvre), L'Argent de Marcel L'Herbier (commande du festival international Cinémémoire), Aimez-vous les uns les autres de Carl Theodor Dreyer (Théâtre de la Ville, Paris) et Maldone de Jean Grémillon (commande d'Etat). Comme pianiste improvisateur, il accompagne régulièrement des films muets pour le Forum des images (Paris), le Musée d'Orsay, le Centre Wallonie-Bruxelles (Paris), le Musée d'Art et d'Histoire du Judaïsme (Paris), le festival d'Anères et le festival Repérages de Valence.
En compagnie de l'Orchestre philharmonique de Radio France, il présente chaque mois les oeuvres du grand répertoire au jeune public, salle Olivier Messiaen de la Maison de la Radio. Il est également chargé d'une émission hebdomadaire La leçon de musique de Jean-François Zygel diffusée sur France Musique le mercredi de 14h20 à 15h. On peut également retrouver La leçon de musique en DVD (déjà parus : Mozart, Chopin, Fauré, Ravel, Bartok, Debussy, Mendelssohn, Franck et Chostakovitch), ainsi qu'à l'Espace Croix-Baragnon à Toulouse pour un rendez-vous mensuel, depuis deux saisons. Il a également animé sur France 2 une émission hebdomadaire La boîte à musique de Jean-François Zygel consacrée aux grands compositeurs.
En plus de ses activités musicales, Jean-François Zygel publie de nombreux articles pour des revues et journaux spécialisés (Diapason, le Monde de la Musique, le Monde, le Débat, Inharmoniques...). Son catalogue comprend une cinquantaine de pièces pour voix et piano, instruments seuls, formations de chambre et ensembles instrumentaux, plusieurs oeuvres d'orchestre dont le triptyque symphonique La Ville ou encore Coup de tonnerre, créées par l'Orchestre national des Pays de la Loire, trois grandes oeuvres chorales ainsi que de nombreuses orchestrations et plusieurs pièces pédagogiques.
Jean-François Zygel est professeur d'écriture et d'improvisation au Conservatoire de Paris. Il a remporté en 2006 une Victoire de la musique classique. Ses disques et ses DVD sont édités chez Naïve.
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