Benjamain des quatre enfants, Jonas Jacobsen a grandi au sein de la minorité danoise à Flensbourg, en Allemagne du Nord. Son père était pasteur à l'église danoise de la région. Sa mère, suédoise de naissance, s'occupait principalement des enfants à la maison. Après une année d'échange scolaire en Australie, son désir de découvrir le monde s'est intensifié. À la fin du lycée, il a entrepris plusieurs voyages autour de la planète, accumulant des connaissances sur les cultures et les langues, avant de s'installer à Copenhague où il a commencé à jouer dans le théâtre underground. Après une brève parenthèse à l'Académie royale d'architecture de Copenhague, il a été admis à la prestigieuse Académie nationale de théâtre d'Oslo, en Norvège, où il a étudié le jeu d'acteur pendant trois ans.
