Julio Quintana est né à Los Angeles, aîné d'une fratrie de cinq garçons. Ses parents ont tous deux quitté Cuba après près d'une décennie sous la révolution de Castro, s'installant en Californie, où son père a été le premier de sa famille à obtenir un diplôme universitaire.
Peu après sa naissance, la famille Quintana a déménagé à Kenai, en Alaska, et au cours de la décennie suivante, ils ont changé de résidence à cinq reprises, découvrant la vie dans diverses villes de Californie, de Louisiane et du Texas. Ces expériences ont probablement nourri la fascination de Quintana pour les différences et les points communs culturels.
En 2000, Quintana s'est inscrit au programme d'ingénierie mécanique de l'Université du Texas à Austin, mais il a finalement changé d'orientation pour se tourner vers les études religieuses, où il a exploré la riche palette d'histoires et de mythologies qui ont façonné l'histoire de l'humanité. Captivé par le rôle que jouent les récits dans la formation de l'identité humaine, il a élargi ses études en obtenant un deuxième diplôme en cinéma et télévision.
Après ses études, Quintana a travaillé sur The Tree of Life (2011) et To The Wonder (2012), où il a développé son style unique sous la direction du légendaire réalisateur Terrence Malick. Il a ensuite écrit et réalisé son premier long-métrage, The Vessel, avec Martin Sheen dans le rôle principal, que Malick a produit en tant que producteur exécutif et qui a été projeté en salles en 2016 avec des critiques élogieuses.
Quintana a ensuite écrit et réalisé son deuxième long-métrage, Blue Miracle, avec Dennis Quaid, basé sur l'histoire vraie d'un orphelinat à Cabo San Lucas qui a participé au plus grand tournoi de pêche du monde pour sauver son établissement. Le film a été financé et produit par Endeavor Content et Sony Provident et a été lancé en tant qu'Original Netflix en 2021.
Quintana vit actuellement à Austin, au Texas, avec sa femme et partenaire de production, Marla Quintana, ainsi que leurs trois enfants.