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Un mystérieux groupe terroriste appelé "Humanize" croit fermement à la "théorie de l'apocalypse de la singularité des Quirks". Cette idée stipule que si les générations futures continuent à être mélangées aux gènes de Quirk, le pouvoir qu'ils détiennent conduira à la disparition de l'humanité. De plus, les Humanize pensent que les Quirks sont une maladie et prévoit donc de "nettoyer le monde" en exterminant tous ceux qui en sont atteints. Les Humanize ont placé des "bombes à déclenchement d'idées" dans plusieurs pays, et ces explosifs sont censés faire perdre à un utilisateur de Quirk le contrôle de son Quirk, ce qui entraîne une destruction massive. Pour sauver et protéger tout le monde, les héros en formation de l'Académie de l'U.A., s'unissent pour contrecarrer les efforts du mystérieux groupe.
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La classe 1-A de U.A. a été envoyée sur l’île isolée de Nabu dans le cadre d’un programme de sécurité, ce qui équivaut à des actes mineurs de la part des étudiants, car l’île est pratiquement exempte de criminalité. Izuku Midoriya, titulaire du One for All, un pouvoir d’une immense puissance héritée, rencontre Mahoro Shimano et son frère Katsuma, résidents de l’île. S’unissant à eux avec son rival Katsuki Bakugo, ils découvrent que Katsuma souhaite devenir un héros, mais Mahoro cherche à le dissuader, estimant que son Alter n’est pas adapté à une ligne de travail dangereuse.Pendant ce temps, le père de Mahoro et Katsuma, qui possède un Alter curatif appelé Cell Activation, est attaqué par Nine et son groupe.
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Les examens finaux sont enfin terminés, et les élèves de Yuei se préparent pour le camp d’été. Izuku et All Might reçoivent une invitation d’une certaine personne pour partir à l’étranger dans une immense ville ambulante appelée « I-Island ». Dans cette île qui regroupe les connaissances de scientifiques du monde entier, se tient l’I-Expo, un événement dédié aux résultats de recherches sur les Alters et les superhéros. Izuku y fait la rencontre de Melissa, une fille sans Alter qui lui rappelle son passé. Soudain, l’imprenable système de sécurité de l’île est piraté par des vilains, et tous les habitants de l’ile se retrouvent pris en otage. Un plan capable d’ébranler la société des héros est en marche ! Et la personne au coeur de tout cela, est le héro numéro 1 et symbole de la paix : All Might.
