Tokyo, 1887. Sugata Sanshiro, le plus célèbre des judokas, accepte à contrecoeur d'affronter un champion d'une nouvelle discipline : la boxe. Mais ce combat n'est rien en comparaison de la vengeance des frères de Higaki, adeptes du karaté, qui provoquent Sanshiro dans un ultime combat aux pieds nus au sommet d'une montagne enneigée.
Une série de naufrages inexpliqués défraie la chronique japonaise. Au même moment, à la suite de plusieurs pêches infructueuses, les insulaires de l'île Odo organisent une cérémonie pour apaiser la colère de "Gojira", un dragon marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Mais la nuit venue, quelque chose débarque sur l'île dans une tempête et piétine le village. Le lendemain, le professeur Kyohei Yamane examine le sol et découvre des traces de radioactivité ainsi qu'un trilobite. Un gigantesque monstre reptilien apparaît bientôt aux yeux de tous, avant de s'enfoncer dans la mer.
