Née en 1971. Diplômée de l'Université Kwansei Gakuin avec une spécialisation en Affaires et Commerce. Durant ses études, Koto Nagata s'est investie avec passion dans les cours de danse et les activités de cheerleading.
En s'appuyant sur son expérience acquise lors de cours de danse à New York, elle s'est consacrée à la mise en scène, à la conception et à la chorégraphie pour son équipe. C'est ainsi qu'elle a naturellement développé un intérêt pour le cinéma, qu'elle a décidé de faire son métier.
Elle a rejoint la société WILCO peu après son diplôme en 1995.
Au début de sa carrière, elle a rapidement développé ses talents. Elle a travaillé sur de nombreuses productions cinématographiques, séries télévisées, clips musicaux et publicités en tant qu'assistante réalisatrice.
Beaucoup de ces projets l'ont mise en collaboration avec des réalisateurs et producteurs de renom tels que Shunji Iwai, Kenki Saegusa et Christopher Doyle.
Entre-temps, elle a réalisé pour la première fois en tant que réalisatrice sous la direction de Ten Shimoyama pour une série télévisée intitulée « Jelly in the Merry-go-round » (TV Tokyo), adaptation d'un manga à succès de Moyoco Anno.