2977. Albator, capitaine du vaisseau Arcadia, est un corsaire de l’espace. Il est condamné à mort, mais reste insaisissable. Le jeune Yama, envoyé pour l’assassiner, s’infiltre dans l’Arcadia, alors qu’Albator décide d’entrer en guerre contre la Coalition Gaia afin de défendre sa planète d’origine, la Terre.
Quatre musiciens d'une autre galaxie sont kidnappés par un manager maléfique pour devenir le plus grand groupe sur Terre...
Un dessin animé musical créé par le groupe Daft Punk, à l'occasion de la sortie de leur album ''Discovery'', et réalisé par un des maitres de l'animation japonaise, le créateur d'Albator : Leiji Matsumoto.
Le train spatial ''Galaxy Express 999'' arrive a la fin de sa quete, aide par Albator a bord de son Atlantis et par Esmeraldas. Cet episode acheve une serie longue de plus d'une centaine d'episodes et met fin a la quete d'un jeune garcon qui souhaite atteindre l'immortalite en devenant un hommerobot.