Entre 1995 et 1999, il poursuit des études à la Faculté des Lettres de l'Université de Lausanne. Depuis 2002, Lionel Baier est chef du Département cinéma de l'Ecole Cantonale d'Art de Lausanne (ECAL). En 2002, il bénéficie de l'une des bourses artistiques de la Fondation Leenaards et en 2005, il obtient le Prix culturel Jeunes créateurs de la Fondation vaudoise pour la promotion et la création artistiques. Il s'est vu, par ailleurs, décerner le Best European Director Prize au NEFF 2005 de Vitoria-Gasteiz. En 2007 sort dans les salles son film, Comme des voleurs (à l'Est).En 2009, il signe Un autre homme, interprété par Robin Harsch et Bulle Ogier.
