Depuis leur victoire sur Shredder, les liens entre nos quatre héros à carapace se sont distendus, malgré les efforts de Splinter. Pourtant, une menace plane sur New York en la personne de l'industriel Max Winter, qui veut lever une armée de monstres. Aidés d'April et de Casey Jones, les tortues vont devoir à nouveau affronter le clan des ''Foot''...
