Il s'intéresse très tôt au cinéma, grâce à son père qui l'emmène voir les films de Charlie Chaplin et de Max Linder. À vingt ans, il fait l'acquisition d'une caméra Kinamo avec laquelle il tourne Douro Faina Fluvial. Une version muette de ce film est projetée pour la première fois le 21 septembre 1931. Elle provoque des réactions violentes parmi les critiques portugais et des éloges chez leurs confrères étrangers.
En 1942, il réalise son premier long-métrage, Aniki-Bobo qui, si l'on en croit Georges Sadoul, annonce le néoréalisme. Le passé et le présent (1971), marque le début de sa tétralogie sur la frustration amoureuse - avec Benilde ou la vierge mère (1975), Amour et perdition (1978) et Francisca (1981). En 1985, il reçoit un Lion d'Or au Festival de Venise pour Le soulier de satin. Il présente en 1988 Les cannibales au Festival de Cannes, révélant la belle Leonor Silveira.
En 1990, il revient à Cannes présenter Non ou la vaine gloire de commander qui reçoit une mention spéciale du jury. Depuis Francisca, Manoel de Oliveira ressent le désir de tourner un autre film basé sur un texte d'Agustina Bessa-Luís à qui il propose d'adapter Madame Bovary de Flaubert. L'écrivain s'enthousiasme pour cette idée et Val Abraham (1993) est considéré comme le meilleur Madame Bovary jamais réalisé.
Le couvent (1995) marque sa première collaboration avec Catherine Deneuve et John Malkovich. En 2004, Oliveira a reçu le prix De Sica du Président italien et un Lion d'or pour l'ensemble de sa carrière à Venise où il présente Le cinquième empire. En 2005, le Président français élève Manoel de Oliveira au grade de Commandeur de la Légion d'Honneur. De semblables hommages lui sont rendus à Milan, Madrid, Naples et Barcelone. Il réalise Le miroir magique, une adaptation de L'Âme des riches, un roman d'Agustina Bessa-Luís,avec nombre de ses acteurs préférés dont Michel Piccoli et Lima Duarte et, pour la première fois, Marisa Paredes. En 2009, il signe Singularités d'une jeune fille blonde, qui relate les amours d'un couple à Lisbonne.
