C'est en 2004 que Marija obtient son premier rôle majeur dans le film Cette magnifique nuit à Split du réalisateur Arsen Anton Ostojić. Dès cette interprétation, en brossant un portrait fidèle d'une héroïne dépendante, Marija se voit décerner le titre flatteur de plus grande actrice croate. Pour officialiser ce statut, le jury du festival de Sarajevo, présidé par Mike Leigh, s'en charge en lui remettant la même année le Cœur de Sarajevo, récompense prestigieuse du meilleur rôle féminin. Elle connaît un véritable élan en participant à l'un des plus grands succès commerciaux croates, le film Qu'est-ce qu'un homme sans moustache (2005) de Hrvoje Hribar. Son interprétation énergique de Ljubica, la grande sœur protectrice, un peu rude et crue, s'impose comme un contrepoids rationnel aux personnages centraux, enrichissant ainsi la toile dramatique du récit. En 2006, elle renoue avec Sarajevo en remportant pour la deuxième fois le Cœur de Sarajevo du meilleur rôle féminin pour le film La Demoiselle de la réalisatrice Andrea Štaka. Cette fois, Marija place sa sensibilité d'actrice au service de la jeune Ana, dont l'inadaptation et le tempérament juvénile irrépressible marquent irrémédiablement tous ceux que la turbulence de la vie met sur son chemin. Elle y joue aux côtés de Mirjana Karanović, la plus grande diva du cinéma régional, et nombreux sont ceux qui verront en Marija sa digne héritière. Mirjana Karanović elle-même la désignera dans les interviews comme l'une des meilleures actrices croates. Suivent de nombreux rôles secondaires dans divers films croates, avant qu'elle n'obtienne des rôles principaux en 2010 dans le film allemand Shahada, en compétition au festival de Berlin, puis dans Mère de l'asphalte de Dalibor Matanić. Pour cette dernière performance, elle reçoit l'Arène d'or du meilleur rôle féminin principal au 57e festival du film de Pula et le Grand Prix Fipa D'OR du meilleur rôle féminin au Festival international des programmes audiovisuels à Paris. Durant cette période, Marija Škaričić figure parmi les actrices croates les plus sollicitées et les plus récompensées, ayant tourné pas moins de dix-huit longs métrages entre 2000 et 2010, un palmarès qu'aucune autre actrice croate ne peut se vanter de posséder. Elle a également joué dans les séries télévisées Boomerang et Opération Kajman, tandis que ses apparitions au théâtre restent très rares.
