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XXIIIe siècle. Une sonde étrange menace de détruire la Terre. Il semblerait d'après l'équipage de l'Amiral Kirk, que seules les baleines terrestres soient en mesure de communiquer avec l'engin. Un retour sur la planète au XXe siècle s'impose donc, afin de ramener un couple de cette espèce depuis longtemps disparue...
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Le capitaine Spock est mort, s'etant sacrifie a la naissance de la nouvelle planete Genesis. Le capitaine Kirk et son equipage partent retrouver son corps, lance dans l'espace, a la demande du pere de Spock. Il s'avere en effet que les rituels des Vulcains sont a meme de faire revivre Spock...
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Au XXIIIe siecle, la Federation des Planetes envoie le vaisseau Enterprise, commande par l'amiral Kirk, a la rencontre d'une masse energetique filant droit vers le systeme solaire. Il s'agit de V-Ger, anciennement la sonde US Voyager 6, qui a assimile ses propres donnees, acquerant l'intelligence. V-Ger veut s'unir a son createur...